Modul sesi pertama “Computational Chemistry Workshop Series”, Quantum Redocking by DCDFTB Method, pada tanggal 1 Februari 2025, bisa diperoleh di sini. Kalau ada pertanyaan, silakan diajukan. Tempat ini bisa digunakan untuk diskusi materi workshop tsb.
Salam. Mohon maaf Prof Adit dan Pa Kaka, saya mencoba modul 1, baru menjalankan “sbatch submit.sh”, terkirim dgn nomor proses tertentu, tapi langsung hilang, dan ternyata setelah saya perikasa hasilnya di dftb.out, selalu ada pesan error seperti ini:
Dan sebelum running perintah tersebut, proses pembuatan file dftb.inp menggunakan vi, dengan cara mengcopy paste dari file modul (pdf), hasil paste format text selalu tidak sesuai dengan yang di file pdf, yaitu terjadi banyak spasi-spasi tambahan, sehingga harus banyak diedit ulang, file dftb.inp tersebut. Mohon pencerahan, bagaimana yah solusinya, Te
rima kasih.
spasi-spasi tambahan ketika meng-copy dari pdf ke terminal…
Mohon maaf pak Rustaman, saya sangat telat membalas. Error di atas terkait dengan masalah format copy and paste dari file pdf ke vi editor. Pada dasarnya, ini disebabkan oleh format file pdf yang dicompile menggunakan package lstlisting yang digunakan di LaTeX. Saya sudah perbaiki dan perbaikan modul akan diupload segera, namun untuk sementara dapat diakses di sini.
Meskipun modul sudah direvisi, dalam teknis copy and paste, sebaiknya setiap ada baris kosong dilakukan jeda dahulu. Sebab baris kosong tidak terbaca jika dilakukan copy and paste. Jika kasus yang sama masih terus timbul, kemungkinan disebabkan pdf viewer yang digunakan.
Terima kasih Prof. Adit dan saran dan perbaikannya.
Maaf Prof Adit, waktu itu, meskipun filenya sudah dibetulkan format penulisannya, tetap saja pesan errornya masih muncul. Saya tidak paham…, mohon pencerahan. Terima kasih.
Wah, boleh dilampirkan dicopykan di sini file dftb.inp nya pak Rustaman? Pesan error tersebut sebetulnya muncul karena kurang satu baris kosong di setelah baris yang dimulai dengan DISPERSION dan setelah baris yang dimulai dari DCDFTB.
filenya dftb.inp ini Pa Adit.
Terima kasih pak Rustaman. Semula headernya seperti ini:
Coba perbaiki menjadi seperti ini pak:
Jadi berikan satu baris kosong sebelum baris yang mengandung kata DCDFTB.
Alhamdulillah sudah running normal [solved} Pa Adit. Terima kasih,